Champion d'Espagne de karting en 1990, c'est en Formule Ford qu'il faisait ses premiers pas en monoplace. Parti chercher fortune en Grande-Bretagne - 10ème en 1995 - Marc Gené a continué sa route en F3000, mais c'est sa victoire dans l'Open Fortuna Nissan en 1998 qui lui ouvrait les porte de la catégorie reine - chez Minardi, où il a participé à 33 Grand Prix.

Enrôlé par l'écurie Williams BMW comme pilote d'essais et de réserve, il allait remplacer Ralf Schumacher à trois occasions en 2003 et 2004. C'est là qu'il signera son meilleur résultat en course : une 5ème place, à Monza. Recruté par la Scuderia Ferrari en 2005 pour épauler Luca Badoer, il a conservé sa place avec l'équipe italienne jusqu'en 2007.